在距今5000年的新石器晚期，九江地区就有先民在此繁衍生息，属古三苗族活动区域之一。
春秋，九江地区为吴之西境、楚之东境，俗称“吴头楚尾”。
九江作为行政区划始于秦代。秦王政二十四年（前223年），秦灭楚，建九江郡。境域包括今江西全部、安徽的淮南及河南的一小部分，治寿春（今安徽寿县）。汉析秦时九江郡为九江、庐江、衡江、豫章四郡，今九江境域分属豫章郡和庐江郡。西汉初年置寻阳县，治所在今湖北省黄梅县西南。高祖六年（前201年），车骑大将军灌婴在九江凿井筑城戍守，称湓城，同时置柴桑县。
三国，九江属吴，由一个边远僻左，一变而为边防重镇及交通枢纽。孙权为发展经济，解决军队给养和北方移民就食问题，在九江大规模地屯垦戍边，其主要军事力量先后由周瑜、吕蒙、诸葛恪率领，长期驻扎九江。
晋元康元年（291年）设江州，包括今江西绝大部分、湖北东部及浙江、福建北部，州治豫章（今南昌）。晋永兴元年（304年），分庐江郡的寻阳县、武昌郡的柴桑县合立寻阳郡，属江州，郡域相当于今九江市以西、湖北武穴以东的长江南北两岸地区，郡治设江北寻阳县。
东晋咸和年间（326～334年）将寻阳郡治、寻阳县治皆由江北迁至江南的柴桑地。咸康年间（335～342年），又将江州州治由豫章移驻寻阳。至此，寻阳成为州治、郡治和县治所在地，成为长江九江段南北两岸政治、经济、文化中心。义熙八年（412年），朝庭废寻阳县，将其地并入柴桑县。南朝梁太清年间（547～549年），寻阳郡治迁入湓城（今九江市区）。纵观东晋、南北朝270多年，因北方人口的大量迁入、地处要冲的地理位置，使寻阳成为长江中下游的名州重镇，湓城初具城市规模。随着政治、经济的隆盛，九江文化、宗教事业也开始发展。
隋开皇九年（589年），废寻阳郡，并柴桑、汝南为寻阳县，县治湓城。十八年，改寻阳县为彭蠡县。大业二年（606年），以寻阳跨江而治，江水会境，遂废江州改置九江郡。改彭蠡县为湓城县。隋统一全国后，社会比较安定，生产发展很快，九江地处赣江、长江交汇处，为一重要中转枢纽。手工业继续发展，尤其造船业，成为当时中国十二处重要的造船中心之一。当时九江郡（辖湓城、彭泽两县）人口就达7617户，按每户5人估算，近4万人。
唐初废郡复州。武德四年（621年），分湓城置浔阳县。贞观年间，江州设有大规模的官办造船工场，曾奉旨造能浮海的大船供高宗远征高丽。开元年间，江州港由一个地区性港口转变成全国性港口。至天宝年间（742～755年），江州（辖浔阳、彭泽、都昌3县）人口29025户，估算近15万人。九江开始出现官办书院（学校）。李白、白居易、权载之等诗人留连九江山水，写下大量脍炙人口的佳作。
五代南唐尊崇儒学，江州儒风纯厚，为“道德教化之地”，升元三年（939年），改浔阳县为德化县。北宋开宝八年（975年），南唐后主李煜战败降宋，江南各城皆归顺，独江州拒命。次年，宋将曹翰破城，为泄愤实行屠城，造成九江历史上最大的人口灾难。屠城之后，遇难者田宅尽被江北贾人所占。太平兴国二年（977年），宋太宗赵光义感于江州忠义，“诏长吏访其民之乡里疏远亲属给还之”，江州稍稍恢复生机。
至宋代中叶，江州城成为一个繁华的中等城市，江州港为全国重要的茶叶、漕粮、瓷器集散港。宋朝对茶叶实行专卖制度，江州是南宋五大茶叶合同场（茶叶征税、收购机构）之一，乾道年间（1165～1173年），官府又在江州设置“茶运司”机构。天圣（1023～1031年）中，江州即设“转搬仓”，专司漕粮受纳储存和分段转运。手工业进一步发展，江州工匠设计建造江西省最早的大型单孔石拱桥——观音桥，可见工艺之高超。江州也是全国闻名的鱼米之乡，出现淡水养殖业。
宋代是华夏文化“造极”的时代（陈寅格语），九江凭依南唐崇儒的基础，借赵宋偃武昌文的雅风，在思想文化建设上取得相当大的成就。江州有当时全国四大书院之首的白鹿洞书院，有在理学传播中占特殊地位的濂溪书院，有造就北宋“进士村”的修水黄氏书院，有中国最早最完备的义门东佳私办书院。黄庭坚开创江西诗派，刘恕在编修《资治通鉴》中担当重任，苏轼、米芾等大家也在江州留下传世佳作。终有宋之世，江州被天下誉为“真儒过化之地，文章节义之邦”。
元至元十四年（1277年），设江州路，辖德化、德安、瑞昌、湖口、彭泽5县，人口83977户，503852人。
元至正二十年（1360年），陈友谅称帝，国号汉，建都江州。二十一年，朱元璋西征攻入江西，改江州路为九江府。二十三年，朱元璋与陈友谅在鄱阳湖决战，这是江西古代军事史上最大的一次内河水战。是役，朱元璋大败陈友谅，并将其击毙，为统一中国奠定基础。
明代，九江城因水兴，港口运输带动腹地经济，在属县人口增长缓慢的情况下，城区人口却增长迅速，逐渐由城市港口转为港口城市。嘉靖年间（1522～1565年），九江城区有坊里18处，大街8条，火巷（小巷）28条。天启三年（1623年），仅德化县（今九江市区）人口就达5584户，20955人。九江开始成为全国“四大米市”、“三大茶市”之一，吴城镇也凭借航运成为江西四大名镇之一。九江府物产商品化明显，除土布、土丝、棉花、茶叶、药材、桐油、蜜等商品外，九江鱼苗独占全国鱼苗市场。针对水运商业不断发展，水上通过货物增多的情况，为扩大财政收入，明景泰元年（1450年）在九江设立钞关征税。弘治六年（1493年）税收额15000两，万历二十五年（1597年）收25000两，天启五年（1625年）57500余两。
清顺治元年（1644年），清政府在九江设榷关征税，税制沿用明制。为解决湖口多有商船偷渡逃税的行为，清政府又于雍正元年（1723年）在大姑塘设立分关。至鸦片战争前，九江关一直是清政府税收额最高的榷关，道光九年（1829年）税收额高达600008两。清道光元年（1821年），九江城市建成区面积2.5平方千米，德化县人口58601户，311242人，其中相当一部分是商人、手工艺人、搬运工人等。
清咸丰三年（1853年），太平军殿右八指挥林启荣率军出任九江镇守。四年，太平军石达开、林启荣、罗大纲部大败湘军于湖口。七年，清军攻破九江城，林启荣及17000部属壮烈牺牲。
清咸丰八年（1858年），英、法侵略者迫使清政府签订《天津条约》，九江被辟为通商口岸。十一年，英国在九江建立租界，其他西方列强接踵而至，开设洋行、公司、邮政局、银行、教堂、医院、会社、公馆、学校、俱乐部等，形成新的独立街区，使九江城区开始突破封建时代的城墙格局，建成区面积达到3平方千米。同治元年（1862年），英国人设立九江海关，夺取征税权，同时兼管港口和航道，九江出现中国土地上由外国人征税的怪现象，开始沦为半封建半殖民地城市。为适应侵略者掠夺经济的需要，九江港口迅速近代化，出现装卸机械，轮船开始代替木帆船，出现一批外商轮船公司。茶叶、大米、瓷器等农副产品出口猛增，进口则以鸦片、棉布、棉纱、煤油为主，九江甚至成为江西省鸦片进口的“总汇之区”。由于洋货充斥市场，中国自给自足的自然经济被打破，导致农业大面积破产，江北破产农民不断涌入九江洋人企业谋生，九江人口再次剧增，同治八年（1869年），德化县经太平天国战乱后，人口又增至70855户，321010人。
清宣统三年（1911年），九江首应武昌起义，成立“中华民国驻浔军政分府”。民国2年（1913年），李烈钧在湖口发动反袁世凯起义，历时38天失败，史称“二次革命”。
民国3年（1914年），改九江府为浔阳道，为避免与福建德化县同名，改德化县为九江县。4年，南浔铁路建成通车，有力地促进九江经济的发展。同年，出现九江至莲花洞的公路运输，创江西公路旅客汽车运输之始。6年，映庐电灯股份有限公司在九江开办电厂，标志九江电力工业的开始。15年，废道，各县直隶于省；同年11月，北伐军攻克九江。16年，九江人民收回英租界，在城区设市政厅，直隶省政府。17年，改市政厅为九江市政府。19年，九江市政府撤销，市政并入九江县政府综理。23年，复设九江市政委员会，隶省政府。25年，撤市政委员会，城区归九江县浔阳镇，为特种甲级镇。
民国14年（1925年），九江开始出现中国共产党地方组织。16年7月，中共九江市委组织工人群众协助中共领导人及叶挺、贺龙部队过境，赴南昌举行著名的八一起义。9月，中共中央特派员毛泽东领导的秋收起义在修水首举义旗。次年初，九江开始出现地方割据的人民政府——苏维埃政府。
民国27年（1938年）6月21日，日本侵略军开始入侵九江，中国军队在九江大地上与来犯者展开沃血奋战，有效地杀伤敌人有生力量，为武汉等后方大转移争取宝贵时间。特别是万家岭大捷，国民革命军薛岳兵团聚歼日军达万余人，取得江西境内抗日战争的最大胜利。7月26日，九江市区沦陷。沦陷期间，九江是日军西侵、南犯的据点，战争、掠夺及日本占领者对各行业的垄断，使九江迅速衰落，一遍萧条，10个县总人口比抗战前净减35.17万人，只有133.69万人。1945年9月3日，国民革命军新三军进驻市区，九江光复。9月5日，九江受降典礼在新三军司令部举行，新三军军长杨宏光接受日军第十一军军长兼华中派遣军第六方面军司令笠原幸雄投降。
九江光复后，内迁企业、机关、学校等回迁，九江开始复苏。但九江的复苏很快因国民党发动内战而停滞。至民国38(1949)年，九江市区面积3.5平方千米，房屋建筑面积52万平方千米，大都是两层年久失修的砖木结构建筑和棚户，城市道路长36.52千米，面积34.28万平方米，排水管道9.66千米，多数街巷为明沟排水，有路灯73盏，供水能力200立方米/日，管线长6千米。人口11025户，60636人。
1949年5月九江解放。6月，成立中共九江地委。7月，成立九江分区行政督察专员公署。9月，经省人民政府调整，九江专区管辖10县1市1山。1968年4月，成立九江专区革命委员会。1971年2月，改为九江地区革命委员会。1978年7月，设立九江地区行政公署。1980年3月，国务院批准九江市由地辖市升格为省辖市，设庐山区、浔阳区、郊区3个县级区。1983年7月，国务院批准九江撤地设市，实行市辖10县2区1山的体制。1989年12月，国务院批准撤销瑞昌县设立瑞昌市，为县级市。形成九江市辖9县1市2区1山的体制，即修水、武宁、永修、德安、九江、星子、都昌、湖口、彭泽县，瑞昌市，庐山区、浔阳区和庐山管理局
解放后，九江人民在中国共产党和人民政府的领导下，励精图治，奋发图强，各行各业成果累累，取得九江历史上从未在过的巨大成就。农、林、牧、副、渔业生产在全省占有相当位置，其中棉花产量占全省三分之二。工业门类齐全，支柱产业具有相当规模，众多产品打入国际市场，填补国内、省内空白。商业活跃，形成以市区为中心的赣北大市场，辐射鄂东、皖西。发挥地处京九铁路大动脉和长江黄金水道交汇点的的区位优势，构筑成水路纵横交织，公路、铁路交错，航空、管道运输臻臻日上的水陆空立体交通网络。教科文卫体和新闻事业日新月异。城乡人民生活水平和消费水平有较大提高，完成由温饱型向小康型过渡。基础设施建设成就辉煌。旅游业出现新面貌。开放开发成效显著。精神文明建设不断进步，和谐社会日益成型。九江人正满怀豪情，紧抓机遇不放松，加快九江在京九中段和长江中下游之间的崛起，实现在沿江沿线的大跨越，使未来九江成为长江沿岸又一明星城市，成为江西省的富庶之地。
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